喀什地区水系受地形地貌、地域降水影响，各河系的源头都位于冰川、山区积雪带，随着山区水分的融冻而使各河的年内枯洪变化明显。各河都为融补型河流。全区有5大河流，另有短程河3条。
叶尔羌河是喀什地区大的河流，支流众多，较大的支流为塔什库尔干河、克勒肯河。它发源于喀喇昆仑山的乔戈里峰，属融雪补给型，河流全长1000千米，流域面积10.81万平方千米
喀什地区
，灌溉着全区农田面积大的绿洲——叶尔羌河平原。即莎车、泽普、麦盖提、巴楚、农三师11个团场及叶城、岳普湖部分农田。夏洪期有余水灌溉下游胡杨林区，在阿瓦提县汇入塔里木河（占塔河水量的17%）。年径流量为64.33亿立方米，少水年份为54.9l亿立方米。